Für die Diagnose benötigt der Arzt zunächst Angaben zur Vorgeschichte. Es folgen standardisierte Fragebögen sowie eine psychologische Untersuchung. Zum Ausschluss anderer Erkrankungen sollten weiterführende laborchemische Untersuchungen, ein EEG und ein MRT erfolgen. Während die Diagnose des frühkindlichen Autismus schon bei Kleinkindern mit relativ großer Sicherheit erfolgt, sind beim Asperger-Syndrom auch verwandte Störungen wie ADS (Aufmerksamkeitsdefizitsyndrom), eine schizoide Persönlichkeitsstörung (extreme Introvertiertheit), eine Zwangsstörung, ein Tourette- Syndrom und psychodynamisch, also durch seelische Konflikte bedingte Verhaltensstörungen abzugrenzen. Oft führt auch ein Mangel an emotionaler Zuwendung in der Erziehung zu autismusähnlichen Verhaltensweisen, die sich aber eher als reaktive Bindungsstörung manifestieren können und nicht mit Autismus verwechselt werden dürfen.

Je früher die Diagnose gestellt wird, desto früher kann auch die Therapie beginnen. Kinder, die in ihrem sozialen Umfeld gut intgriert sind, benötigen weniger Hilfe als diejenigen, die stärkere autistische Symptome zeigen, unter Angst- und Zwangsstörungen leiden oder in der Schule gemobbt werden. Daher ist immer individuell zusammen mit den Therapeuten und Lehrern zu entscheiden, wieviel Therapie erforderlich ist oder ob z. B. beim Jugendamt ein Integrationshelfer für den Besuch der Regelschule beantragt werden muss. Auch Erwachsene profitieren von der Autismustherapie und können über das Sozialamt ein persönliches Budget oder einen Einzelfallhelfer beantragen.